第一部 「暴れ獅子罷り通る」 　二代将軍・秀忠の時代。依然として世の中は騒然としていた。特に町奴の幡随院一家と旗本白柄組の争いが激化。家光は町中を歩き回り、世情を知るように努める。吉原にも出入りする。そこを拠点に、元北條家ゆかりの薄雲太夫と夕霧太夫と風魔忍者の統領・甚内が徳川打倒に動いていた。また、関ケ原で父を殺された軍学者・由井正雪も幕府転覆を狙う。一方、江戸城内では秀忠は忠長を将軍にと考えていた。 　風魔忍者が忠長の名前を使って家光を襲う。忠長の家臣たちの手配だった。だが春日局は駿府の家康のところに行き、家光の不遇を訴えた。江戸に登城した家康は「嫡子相続が、今後の世継ぎ問題をなくす」と言いわたし、その意見におされて、秀忠は家光を第三将軍にする。そして家康は死す。

	第二部 「陰謀! 釣天井と京洛の罠」 　二代将軍・秀忠は弟・忠長をつれて日光にいく。そこれは不遇を恨んだ本多正純がひそかに陰謀をめぐらしていた。江戸に残された家光は企みを知り日光に向かい、陰謀を阻止する。 　将軍宣下を得るために京に向かうが、反徳川の関白・九条実和の策略で官位なしで京をさらせようとする。また、甚内は天皇の妃で家光の妹・和子を拉致。服部半蔵らとの活躍で取り戻す。更に官位に就任する祝いの席で毒殺されるようよしたが、毒消しで一命をとりとめる。そして西国雄藩の藩主らを前にして、「余は生まれながらの将軍ぞ」と宣言し、挑んでくる者はいつでも来いと言い放った。

	第三部 「必殺の待ち伏せ 決闘鍵屋の辻」 　　岡山藩池田家で不祥事が起こる。河合又五郎が渡辺数馬の父親を殺す。藩主から仇討ちを命じられるが、河合は逃亡し、江戸に潜入。岡山池田藩士に見つかるが、白柄組に邪魔をされる。これが原因で旗本と外様大名の抗争に発展し、大久保彦左衛門や伊達政宗を巻き込む。家光は大名と旗本の対立の処理に困っていたが、剣豪・荒木の智恵で治めようとする。甚内の策略で池田の藩主が毒殺されて騒ぎが広がりかけた。しかし旗本・水野らが匿っていた河合をおじの河合甚左衛門が引き取る。そして、荒木に別れを告げ江戸を離れた。荒木、渡辺数馬たちが追い、遂に仇討ちを果たした。

	第四部 「寛永の御前試合の謎 愛と哀しみの渦」 　旗本と外様大名の争いを治めるために御前試合開催を企てた。更に彦左と伊達政宗が御前試合で戦うことになり、引き分ける。家光も柳生十兵衛によって暗殺を阻止し、御前試合を成功裏に終える。 　町奴と旗本の争いに終止符をうつべく、幡随院の頭・長兵衛は旗本の水野屋敷を訪れる。そこで甚内の配下によって長兵衛は殺される。水野も切腹。唐犬たちは町奴を集めて復讐しようとする。信綱と家光は混乱収拾に向かった。家光は唐犬たちを説得する。

	第五部 「危うし八百万石! 悲運に散る華」 　幡随院の妹おたえが婚礼の帰りに家光は甚内らに襲われるが、服部半蔵によって救われる。甚内を逮捕に向かうが、紀州藩に逃れていた。正雪も身を寄せていた。 肥後加藤家、弟・忠長を騙した家光打倒を計画する。 　病弱な御台所の孝子は、おらくを探して大奥に入れる。孝子はおらくを家光に引きあわせ、逝く。 　反家光派は血判状を作成。参勤交代で駿府に入った尾張藩義直に血判を迫るが、かえって諌められる。そのため義直は襲われたが半蔵らの助けにあって無事江戸に着く。駿府に向かう家光一行が襲撃される、川に転落するが助かる。 　陰謀を企んだ者達が次々に処分。高崎に幽閉された忠長に家光が会いにいき、共に江戸で暮らそうと誘うが、忠長は自害する。

	第六部 「慶安の嵐 捨て身の大勝負」 　おらくが懐妊し、世継ぎ竹千代が誕生する。藩取りつぶしが相次いだ。浪人が江戸にあふれた。由比正雪は塾「張孔堂」をつくり、紀州頼宣と手を組、反家光派の浪人を集めていた。 　家光は自分の死を公表せよと言った。反家光をあぶりだして、一気に殲滅する作戦にでる。正雪は久能山で蜂起する気だったが、先に丸橋忠弥は江戸で蜂起し、一網打尽にされ、謀叛はあっけなく終わった。 　竹千代が甚内たちにさらわれ、頼宣に預けられた。甚内はすでに用済みとなった正雪を亡き者にしようとしたが返り討ちにあう。家光は紀州邸に竹千代を救いに行く途中、正雪と一騎打ち。馬上の家光が正雪を倒す。 　紀州邸に乗り込む家光。そこで竹千代は切腹し、介錯を父親に頼む。家光は刀を抜いた瞬間に頼宣の首に走り、竹千代を救う。家綱が第四代将軍となると結ばれる。