第一部「家康死す！」 　天下を統一した徳川家康が病に倒れた。老中・土井利勝は「わしの隠し子」と告げられる。この日から利勝は、家康の遺志を継ぎ、徳川の太平のためには、“鬼”にもなると誓う。 　家康の死後、三代将軍の跡目争いが激化。家光を支持するのは、利勝と乳母の春日の局。弟の忠長には、母・お江与と利勝の政敵・本多正純がつく。 　柳生十兵衛は、利勝の右腕として政治に没頭する父・宗矩に反発する。宗矩は、長男の十兵衛ではなく、弟・友矩と宗冬を可愛がる。"父と子の戦い"それは、まさに十兵衛と家光の生涯でもあった。 　家光は、三代将軍になったが、その実権は父・秀忠が握り、母・お江与は駿河大納言に叙せられた弟・忠長を将軍にしようと画策する。利勝は、幕府のため、家光のために、歯向かう大名を次々と潰し、政敵・本多正純を"宇都宮釣り天井事件"で失脚させる。 　一方、江戸を離れた十兵衛は、柳生の里で"雨降り又右衛門"の異名をとる剣豪と出会う。

	第二部「十兵衛奔る！」 　河合又五郎が備前池田家の家臣・渡部源太夫を斬り殺す事件が起こる。江戸に逃げた又五郎は、大禄を持つ外様大名を嫌う、江戸の旗本達・高崎安藤家に匿われる。池田家と旗本達は又五郎引き渡しについて互いに譲らず、ついには単なる又五郎対渡部家の「個人」対「個人」から、「旗本衆」対「外様大名」の争いの様相を呈していく。 　この混乱に乗じて、お江与は、利勝の失政を突き、家光の替わりに忠長を将軍にと、画策する。諸藩の大名と密通し、着々と忠長派閥を築いていく。しかし、利勝は、秀忠を説得して、忠長を駿河から配流処分にする。 　再び決闘の様相となり、又五郎には、叔父の河合甚左衛門、又五郎の妹・八重の夫で、"霞の半兵衛"の異名をとる槍の名人・桜井半兵衛がつく。源太夫の弟・数馬には荒木又右衛門が加勢する。十兵衛は、この戦いを止めるべく奔走するが、又右衛門、甚左衛門の強い意志を知り、もはや正々堂々と戦わせるしかないと自分に言い聞かせるのだった。

	第三部「決闘！鍵屋ノ辻」 　奈良から、伊賀上野へ至る伊賀街道の途中、『鍵屋ノ辻』を、又右衛門は決戦の地と決め、襲いかかる。その裏で、旗本が放った暗殺団と戦う十兵衛。死闘の末、甚左衛門、桜井半兵衛を倒す又右衛門。そして、数馬と又五郎の死闘は6時間も続いた。重傷を負いながらも数馬は又五郎を討ち取る。利勝と宗矩は、２人を因州鳥取・池田家に差し戻しを告げる。 　一方、配流されていた忠長が自害。母・お江与の画策した謀反計画が判明し、観念したのだった。それを知ったお江与が息子の後を追おうとするが春日の局は止める。「あなた以上に辛く思っている方がいます」。現れた家光を見て、涙を流すお江与。ともに歩みより、手を取りあう母と子。 　鳥取では家老の荒尾志摩に言われ荒木又右衛門は腹を切る。尊い犠牲ゆえに、これで旗本も静まり、天下騒乱は免れる。 　すべてを悟った十兵衛は、父・宗矩と真剣で立ち会い、そして利勝と対決する。利勝より父の跡を継ぐように誘われるが、十兵衛はキッパリと断る。