第一部：武士になる　−勇と歳三の夢− 　試衛館の天然理心流四代目に襲名した近藤勇。個性豊かな食客が集まり賑わいを見せる。しかし百姓の出というだけで講武所の任を解かれなど、身分制度の壁に突き当たる。更に坂本龍馬などの影響をうけ勇の心は揺れ動く。山南からの知らせで、門人８名と共に将軍警護のための浪士組に参加すべく上洛を決意する。

	第二部：新撰組誕生 　京都に着くと清河八郎の真意を知り、近藤と芹沢は独自の浪士組を結成しよう残ることを決意。会津藩お預かりとしてスタートする。しかし芹沢筆頭局長らの乱暴な事件でお咎めを受けた壬生浪士組。土方は芹沢を排除すべく局中法度をつくる。文久3年8月18日に薩摩と会津による長州藩を排除する政変が起こり、浪士組は功績を認められ「新選組」が誕生。そして芹沢達を暗殺し実権は近藤派が把握する。

	第三部：愛しき友よ 　元治元年、浪士らの陰謀を阻止するために池田屋事件を起こし、新撰組の名を高めることになる。一方、内部の粛正を進め、山南、松原、河合らが切腹し、脱走者が続出する。近藤らが幕府直参として召し抱えられることになり、隊内では不平不満を上げる者が出始める。そんな中、伊東一派が御陵衛士として隊を離れることに。ところが油小路で暗殺される。 　慶応三年の王政復古の大号令が行われることで新撰組の存在意義を失う。続いての鳥羽伏見の戦いでも惨敗し、近藤も負傷、江戸に敗走した。その後、甲陽鎮撫隊として甲府に進軍したが敗戦。流山で再起をはかるが近藤は捕まり斬首される。