第一部：遙かなる故郷 時は幕末。盛岡南部藩の吉村貫一郎（渡辺謙）は、藩随一の文武両道の士であった。だが身分は二人扶持の足軽同心で、一家は飢餓に襲われていた。脱藩を決意した貫一郎は、故郷を捨てて京へ上り、新選組に入隊する。

	第二部：京都雫石恋唄 近藤勇（柄本明）、土方歳三（伊原剛志）、沖田総司（金子賢）らの前で長倉新八と剣を合わせてその腕前を見せた貫一郎は剣術師範方の地位を得た。そして手当てを求めて浪人を斬りまくり、「人斬り貫一」と恐れられるが、全ては故郷で自分の帰りを待ち続ける妻のしづ（高島礼子）と子どもたちのためであった。

	第三部：龍馬暗殺 新選組で一目置かれる存在となった貫一郎であったが、時流に翻弄された新選組は内部崩壊をはじめ、滅びへの道を進んでいく。一方、薩長同盟、大政奉還を成功成功させた坂本竜馬は暗殺される。

	第四部：鳥羽伏見から五稜郭へ 王政復古の大号令のもと、江戸幕府が消滅。旧幕府軍と薩長軍とによる鳥羽伏見の戦いが始まる。賊軍となった新撰組は敗戦を続ける。隊士が次々と死傷し、貫一郎も負傷を受ける。南部藩大坂蔵屋敷まで逃げ切るも切腹する。薩長軍の東北侵攻に対し南部藩も降伏。しかし長男の嘉一郎は父の意志を受け、函館戦争に身を投じる。激戦の末に戦死する。